Il a fait ses études au Royal College of Music. Après avoir remporté plusieurs prix de direction et de piano, il commence une carrière de pianiste. En 1982, il décide de se consacrer exclusivement à la direction d’orchestre. Il a dirigé la plupart des orchestres de Grande-Bretagne (Royal Philharmonic, Philharmonia, London Philharmonic, Royal Liverpool Philharmonic, Royal Scottish National, Hallé et tous les orchestres de la BBC). En 1976, il crée son propre groupe The Koenig Ensemble. De 1989 à 1992, il est directeur musical de l’Orquestra do Porto, orchestre qu’il a formé à la demande du gouvernement portugais. De nombreuses performances lyriques l’amènent à Vienne, au Covent Garden, à l’English National Opera, à la Bayerische Staatsoper, à Venise, à Berlin, à Hambourg, au Canadian Opera, au Verona Opera, au Royal Danish Opera, au Royal Swedish Opera, ainsi qu’aux opéras de Gênes, Lisbonne, Toulouse, Monte-Carlo, Bonn, Stuttgart, Bilbao, Santiago (Chili) et Rome où, de 1988 à 1990, il occupe le poste de chef principal invité. Il participe également à de nombreux festivals tels que Bregenz, Caracalla (Rome), Wexford, Macerata, Maggio Musicale à Florence, Torre del Lago, Vicenza, Bergamo, Lucca, Montepulciano et Montpellier. Il fait ses débuts à l’Opéra national de Paris dans Tosca. Jan Latham-Koenig est nommé directeur musical de l’Orchestre philharmonique de Strasbourg et de l’Opéra national du Rhin en septembre 1997. Ā l’Opéra, il dirige notamment Macbeth, La Bohème, Dialogues des carmélites, Pelléas et Mélisande, Roméo et Juliette, Tristan und Isolde et Die tote Stadt. Récemment, il a dirigé plusieurs représentations de Dialogues des carmélites aux Proms de Londres et au Festival de Savonlinna. Durant la saison dernière, il a dirigé Norma à Santiago du Chili et Tosca à Covent Garden avec le Royal. Durant l’année 2001, il dirige en Chine et au Japon, ainsi que l’Orchestre régional de Toscane, l’Orchestre national de Belgique fin février. Il a enregistré un cycle Kurt Weill comprenant entre autres Mahagony avec la participation d’Anja Silja, Der Zar lässt sich photographieren, Der Lindbergflug, Magna Carta, Der Silbersee, Happy End et Der Kuhhandel, Street Scene, Poliuto de Donizetti, Dejanice de Catalani, La Cubana de Henze, La bohème de Leoncavallo, ainsi qu’Elisabetta al castello di Kenilworth, Neues vom Tage de Hindemith, de la musique scandinave avec plusieurs ensembles.